近年随着益生菌热潮，市场上涌现各种各样的益生菌补充剂。大家都知道益生菌是对人有益的活性微生物，是对人体肠道健康有益的细菌，适当补充点益生菌对维持健康大有好处，那么益生菌的食用最早又是什么时候开始的呢？
益生菌的食用从远古的时候就开始了，早期的人类从把食物储存，食用发酵食物开始，进食益生菌的历史便开始了，富含益生菌的食物比如奶酪，酸奶，泡菜，发酵的大豆制品等.
但是过去的人类并没有意识到益生菌的存在，因此也没有益生菌的概念，经历了漫长的历史，随着科学的发展，在19世纪末法国微生物学家Louis Pasteur证实了发酵过程是细菌和酵母菌导致的，其后更由俄国生物学家Elie Metchnikoff（因对免疫系统研究的贡献而与德国内科医生Paul Ehrlich共同获得1908年诺贝尔医学与生理学奖）发现造成发酵的细菌和酵母菌等微生物是有益于健康的。Metchnikoff建立的理论认为，人体肠道内的微生物（即现在所称的肠道菌群）能影响人体的健康，或能增进健康，或能损坏健康。
Louis Pasteur
1905年，Metchnikoff对东欧贫困地区居民的人均寿命进行了研究，发现很多居民都是百岁老人。这是怎么一回事呢？经过研究，Metchnikoff觉得是这些居民日常食用的发酵酸奶中的细菌与长寿有关，因此后来他也被称作“益生菌之父”。之后，很多科学家都循着Metchnikoff开辟的研究方向继续深入奇妙的细菌王国探秘，其中有一个叫Henry Tissier的法国儿科医生在幼儿的肠道中发现了一种“好的”细菌——现在被称为“双歧杆菌”的细菌。他提出双歧杆菌可以用来治疗腹泻。
然而，益生菌的概念此后在医学界一直默默无闻，直到它在20世纪50年代中期重新在欧洲被提出。
Werner Kollath
1953年，德国细菌学家Werner Kollath第一次使用了“益生菌”这个名词来称呼为营养不良的病人开出的有助于恢复健康的各种含菌补充剂。“益生菌”这个词语的词源来自拉丁文和希腊文，含义是“有益于生命”。
是的，从微生物学家Louis Pasteur开始，人类开始了对益生菌的发现和研究，进而发展运用来维护人类的健康！
益生菌的发展历程
1857年，法国微生物学家巴斯德研究了牛奶的变酸过程。他把鲜牛奶和酸牛奶分别放在显微镜下观察，发现它们都含有同样的一些极小的生物——乳酸菌，而酸牛奶中的乳酸菌的数量远比鲜牛奶中的多。这一发现说明，牛奶变酸与这些乳酸菌的活动密切相关。 1878年，李斯特(Lister)首次从酸败的牛奶中分离出乳酸乳球菌。 1892年，德国妇产科医生Doderlein在研究阴道时提出产乳酸的微生物对宿主–人有益。 1899年，法国巴黎儿童医院的蒂赛(Henry Tissier），蒂赛率先从健康母乳喂养的婴儿粪便中分离了第一株菌种双歧杆菌（当时称为分叉杆菌），他发现双岐杆菌与婴儿患腹泻的频率及营养都有关系。
1900-1901年，Moro，Beijerinck和Cahn各自研究了肠道中的乳酸菌。丹麦人奥拉一严森(OrIa—JerlSerl)首次对乳酸菌进行了分类。
1905年，保加利亚科学家斯塔门·戈里戈罗夫第一次发现并从酸奶中分离了“保加利亚乳酸杆菌”，同时向世界宣传保加利亚酸奶。
1908年，俄国科学家诺贝尔奖获得者伊力亚.梅契尼科夫（Elie Metchnikoff）正式提出了“酸奶长寿”理论。通过对保加利亚人的饮食习惯进行研究、他发现长寿人群有着经常饮用含有益生菌的发酵牛奶的传统。他在其著作「延年益寿」(Prolongation of Life)中系统的阐述了自己的观点和发现。
1915年，Daviel Newman首次利用乳酸菌临床治疗膀胱感染。
1917年，德国Alfred Nissle教授从第一次世界大战士兵的粪便中发现一株大肠杆菌。这名士兵在一次严重的志贺氏菌大爆发中没有发生小肠炎。在抗生素还没有被发现的那个时代，Nissle利用这株菌在治疗肠道感染疾病（由沙门氏菌和志贺氏菌）取得可观成果。这株大肠杆菌现仍然在使用，它是为数不多的非乳酸菌益生菌。
1919年，怀着对巴尔干半岛有益酸奶和巴斯德研究所微生物研究成果的极大兴趣，伊萨克·卡拉索在西班牙巴塞罗那创立了公司(达能前身)。而且他常常召集许多博士医生到工厂讨论酸奶的益处。
1920年，Rettger证明梅契尼科夫所说的保加利亚细菌（保加利亚乳杆菌）不能在人体的肠道中存活。发酵食品和梅契尼科夫的学说受到怀疑（在那时）。
1922年，Rettger和Cheplin报道了嗜酸乳杆菌酸奶所具有的临床功效，特别是对消化的功能性。
1930年，医学博士代田稔博士在日本京都帝国大学（京都大学）医学部的微生物学研究室首次成功地分离出来自人体肠道的乳酸杆菌，并经过强化培养，使它能活着到达肠内。这种菌后来引用代田博士的名字，取名为Lactobacillus casei strain shirota。这就是后来被称为养乐多菌的益生菌。
1935年，乳酸菌饮料[养乐多]问世，益生菌开始走向产业化。
1945年，无菌动物模型和悉生动物模型建立。
1954年，Vergio引入与抗生素或其它抗菌剂相对的术语“Probiot-ika”，提出抗生素和其它抗菌剂对肠道菌群有害而“Probiotika”对肠道菌群有利。
1957年，Gordon等人在《柳叶刀(The Lancet)》提出了有效的乳杆菌疗法标准：乳杆菌应该没有致病性，能够在肠道中生长，当活菌数量达到107-109时，明显具有有益菌群的作用。同时德国柏林自由大学的Haenel教授研究了厌氧菌的培养方法，提出“肠道厌氧菌占绝对优势”的理论。日本学者光岗知足(Tomotari Mitsuoka)开始了肠内菌群的研究，最后建立了肠内菌群分析的经典方法和对肠道菌群作出了全面分析。
1962年，Bogdanov从保加利亚乳杆菌中分离出了3种具有抗癌活性的糖肽，首次报道了乳酸菌的抗肿瘤作用。
1965年， Lilly D. M.和Stillwell R. H.在《科学》杂志上发表的论文“益生菌—由微生物产生的生长促进因素”中最先使用益生菌Probiotic这个定义来描述一种微生物对其他微生物促进生长的作用。
20世纪70年代初由沃斯(Woese)、奥森（Olsen）等提出16s rRNA寡核苷酸序列分析法来对菌进行鉴定。构建了现已被确认的全生命系统进化树，越来越多的细菌依据16SrDNA被正确分类或重分类，给乳酸菌的鉴定和肠内菌群分析带来极大方便。
1971年，Sperti用益生菌（Probiotic）描述刺激微生物生长的组织提取物。
1974年，Paker将益生菌定义为对肠道微生物平衡有利的菌物。
1977年，微生态学（Microecology）由德国人Volker Rush首先提出。他在赫尔本建立了微生态学研究所，并从事对双歧杆菌、乳杆菌、大肠杆菌等活菌作生态疗法的研究与应用。Gilliland对肠道乳杆菌的降低胆固醇作用进行了研究，提出了乳酸菌在生长过程中通过降解胆盐促进胆固醇的分解代谢，从而降低胆固醇含量的观点。
1979年中国的微生态学研究开始。自中国微生物学会人畜共患病病原学专业委员会下属的正常菌群学组的成立。1988年2月15日中华预防医学会微生态学分会的成立有了学术组织。1988年《中国微生态学杂志》创刊。80年代初大连医科大学康白教授首先研制成功促菌生（蜡杆芽胞杆菌）。1983年9月，中国科学家张季阶教授发现了脆弱拟杆菌。
1983年，由美国Tufts大学两名美国教授Sherwood Gorbach和Barry Goldin从健康人体分离出了LGG（鼠李糖乳杆菌），并于1985年获得专利。LGG菌种具有活性强、耐胃酸的特点，能够在肠道中定殖长达两周。
1988年底丹麦的汉森中心实验室生产出超浓缩的直投式酸奶发酵剂。 直投式酸奶发酵剂(Directed Vat Set, DVS)是指一系列高度浓缩和标准化的冷冻干燥发酵剂菌种，可直接加入到热处理的原料乳中进行发酵，而无需对其进行活化、扩培等其它预处理工作。直投式酸奶发酵剂的活菌数一般为1010 – 1012 CFU/g。
1989年，英国福勒博士(Dr.Roy Fuller)将益生菌定义为：益生菌是额外补充的活性微生物，能改善肠道菌群的平衡而对宿主的健康有益。他所强调的益生菌的功效和益处必须经过临床验证的。
90年代，中国学者张箎教授对世界第五长寿区——中国广西巴马地区百岁以上老人体内的双歧杆菌进行了系统的研究，也发现长寿老人体内的双歧杆菌比普通老人要多得多。同时中医药微生态学建立。杨景云等学者开始对中国的传统中药与微生态关系进行了系统的研究。 1992年， Havennar对定义进行了扩展，解释为一种单一的或混合的活的微生物培养物，应用于人或动物，通过改善固有菌群的性质对寄主产生有益的影响。
1995年，吉布森(Gibson)把能在大肠中调整菌群的食品称为益生元。
1998年，Guarner & Schaafsma给出了更通俗的定义：益生菌是活的微生物，当摄入足够量时，能给予宿主健康作用。
1999年，Tannock作了总结：细菌是人体（还有高级动物和昆虫）中正常居住者。其中胃肠道中发现超过400多种细菌。
2001年，世界粮农组织(FAO)和世界卫生组织(WHO)也对益生菌做了如下定义：通过摄取适当的量、对食用者的身体健康能发挥有效作用的活菌。联合国粮农组织和世界卫生组织组成的专家联合顾问团强烈建议用分子生物学的手段鉴定益生菌。并推荐益生菌存放于国际性菌物保藏中心。具体的步骤是：先做表型鉴定，再做基因鉴定。基因鉴定的方法有DNA/DNA杂交，16S RNA序列分析或其它国际上认可的方法。然后到RDP上验证鉴定结果。
2001年，法国完成第一株乳酸菌即乳酸乳球菌IL1403的全基因组测序。
2002年，微生物学教授Savage宣布：正常菌群是人体的第十大系统——微生态系统。
2005年，美国北卡罗来纳州立大学Dobrogosz 和Versalovic教授提出了免疫益生菌的概念（Immunoprobiotics）。
2006年，意大利M. Del Pianoa等认为益生菌应该定义为一定程度上能耐受胃液，胆汁和胰脏分泌物而黏附于肠道上皮细胞并在肠道中定殖的一类活的微生物。提出从粪便中分离的“益生菌”有可能多数是浮游菌，而非黏附菌。
2007年，美国《科学》杂志预测：人类共生微生物的研究将可能是国际科学研究在2008年取得突破的7个重要领域之一。12月9～10日，英、美、法、中等国科学家在美酝酿成立“人类微生物组国际研究联盟(IHMC)”，计划2008年4月联合启动“人类元基因组计划”，开始对人类元基因组的全面研究。这项被称为“第二人类基因组计划”的项目将对人体内所有共生的微生物群落进行测序和功能分析，其序列测定工作量至少相当于10个人类基因组计划，并有可能发现超过100万个新的基因，最终在新药研发、药物毒性控制和个体化用药等方面实现突破性进展。
2008年，荷兰乌得勒支大学医学中心研究者在柳叶刀杂志上报道了益生菌可能会引起重症急性胰腺炎患者的肠道致命性局部缺血危险。随后，国际益生菌及益生元科学协会(ISAPP)很快发表声明指出：第一，没有任何直接证据显示这些病人的死亡和益生菌直接相关;第二，试验组和对照组病人的病情轻重、治疗条件等参数都未知，因此两组数据就目前而言不具可比性。荷兰肠道健康与疾病联盟(Gutflora)也声明，试验中所使用的益生菌和在美国、欧洲销售的食品所使用的益生菌并不一样。长期以来的科学试验都显示，正规的益生菌及其制品对人体是非常有益的。
2008年4月，国际益生菌协会（The International Probiotics Association,IPA)于4月11日在美国芝加哥召开了首届IPA国际大会，IPA为争论不休的益生菌产品标签计划制定了标准，这些标识主要包括：（1）在产品失效时确保有最低数量的菌落形成单位（CFU）；（2）有储存指示；（3）有包装批号或产品代码；（4）对益生菌清楚地识别，其中包括菌株（优先列出）或者至少以外界普遍认可的术语列明属种，如果用商品名称来识别益生菌，那么实际的属种也应该包含在产品标签上；（5）生产厂家的所有联系信息，或者在产品标签空间有限的情况下，至少列明厂家的网址；（6）建议用量的说明（供动物使用的益生菌补充剂应该列明其所针对的动物种类）。
2008年5月，由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的的益生菌Lb. casei Zhang的全基因组序列测定和图谱绘制于18日全部完成，并向Genbank提交。这是我国第1个完成的乳酸菌基因全序列的测定。
2009年5月 TNO将建立微生态菌群研究中心(MEC)。MEC将提供分析含有复杂微生物菌群样品的服务。消费者将从代替低通量的传统培养方法和分子检测方法的专门以DNA芯片为基础的诊断中获益。 MEC将提供高通量、清晰的数据和有竞争的成本分析。
2009年5月，继国家“九五”、“十五”都将益生菌研究列为重大科研项目后，5月11日科技部再次将益生菌的研究“乳酸菌资源库建设及益生菌发酵剂和制剂产业化示范”重点项目课题”列入“十一五”科技项目。
2009年11月，来自英国、意大利、爱尔兰、比利时、法国、西班牙、瑞士7个欧洲国家的9个胃肠病、微生物、营养学和儿科专家，以英国雷丁大学（University of Reading）Ian Rowland教授为主席组成了专家委员会，根据益生菌的研究开发、临床应用和市场消费等现状，达成一致意见，形成了“益生菌科学最新共识”的专题报告。该报告在益生菌临床应用效果方面的主要意见是：一、益生菌治疗腹泻被广泛研究，其临床应用效果最为突出。二、临床研究表明，某些益生菌能够缩短呼吸道感染时间，减轻诸如发烧、鼻炎、腹泻等症状。三、专家普遍认为，益生菌可全面改善IBS症状，缓解胃肠道功能性紊乱，例如缓解胃胀、腹痛等，从而减轻胃肠道的不舒服感觉。四、此外，专家们共同赞成的益生菌有益健康的作用包括：在幽门螺杆菌感染的治疗中，益生菌作为辅助治疗显示出令人鼓舞的效果；从生物学角度考虑，益生菌可以预防阴道和尿道感染，不过后者的效果不如前者的好；益生菌可能有利于减少结肠癌风险。
2010年3月4日，世界权威科学期刊《自然》发表文章指出，在多国科学家的通力合作和艰辛努力下，人类已经测定出人肠道微生物的基因目录，这对人类来说，无论是对微生物和疾病的认识上，还是对人体健康和保健的认识上都具有里程碑式的意义。
